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“十二五”时期是新疆实现跨越式发展和长治久安的关键阶段，是提升新疆科技创新能力、加快转变经济发展方式的攻坚时期。根据国家“十二五”科技发展规划、全国科技援疆规划和新疆国民经济和社会发展“十二五”规划的整体部署，自治区编制了“十二五”科技发展规划。《规划》共分为四个部分，分别为：发展基础与面临的新形势、指导思想和发展目标、重点任务、主要措施等，全文共2万余字。现摘要如下：
指导思想以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，全面实施中央“稳疆兴疆、富民固边”战略，以服务科学发展为主题，以支撑经济发展方式转变为主线，以提高科技创新能力和自我发展能力为核心，以深化科技体制机制改革为动力，着力发展民生科技，着力加强对产业发展的科技支撑，着力提升科技创新基础能力，着力建设创新型科技人才队伍，着力推进全国科技援疆，加快建设创新型新疆，强化实施科技兴新，促进经济结构战略性调整，为实现新疆跨越式发展和长治久安奠定坚实科技基础。
发展目标到2015年，全区研究与试验发展（R&D）经费支出与生产总值比例力争提高到1.8%，财政科技投入占财政支出比重提高到1.8%，每万就业人员中研究与试验发展人力提高到18人年，每百研究与试验发展人力发明专利申请量9件，高技术产业产值占制造业产值比重达到5%，综合科技进步水平指数达到60%；自主创新能力明显提高，重点领域核心关键技术取得重大突破，科技促进经济内生增长和引领可持续发展的能力大幅提升，科技增进民生福祉和保障公共安全的能力显著增强，综合科技进步水平接近全国平均水平，创新型新疆建设取得重要进展。
重点任务“十二五”科技发展八项重点任务：一是推进以高新技术为重点的产业技术创新，促进新型工业化；二是加快农业科技进步，促进农牧业现代化；三是加快民生科技发展，推进科技富民固边；四是发展资源环境科学技术，促进区域可持续发展；五是加快区域创新体系建设；六是加强科技创新基地和基础条件平台建设；七是大力推进科技人才队伍建设；八是扩大并深化国内外科技合作。
作为实现重点任务的突破口和切入点，“十二五”期间将组织实施八大工程。
一、新型工业化科技引领工程
1.关键技术研发与示范
大型风电装备制造及并网风电场调度技术、高效太阳能电池组件及大型光伏/热电站成套技术、风光互补技术、干空气和地热能高效利用关键技术、煤气化/液化技术、煤层气开发技术；多语种语言处理技术、信息安全技术和系统、物联网技术、生产过程控制/数字化制造等制造业信息化关键技术、软件产品开发和外包服务、数字动漫产业关键技术；石油化工新材料、低成本高效催化剂、煤基化工技术、三次采油用精细化学品、新型建材、稀有和有色金属材料环境友好型开发关键技术、电子信息新材料；先进装备制造技术及模具标准化加工技术、特高压输变电产品和智能电网装备关键技术、石油/矿山工程机械、先进纺织技术；现代交通技术；特色生物资源开发关键技术、生物医药技术；节能减排技术。
2.产业集群
太阳能综合利用、煤基清洁能源、大型风力发电机组、稀有和有色金属新材料、有机高分子材料、电子材料、功能材料、物联网、动漫产业。
3.高新技术产业园区
乌鲁木齐国家高新区建设成“创新型特色产业园区”；克拉玛依、库车等工业园区升格为国家高新区；建设浙江大学科技园阿克苏分园、中国石油大学科技园克拉玛依分园、厦门大学科技园昌吉分园、中南大学科技园新疆分园、西北工业大学科技园塔城分园等10个大学科技园。
4.“科技小巨人”培育行动
培育一批具有一定规模的科技型企业和高新技术企业。
5.现代服务业科技示范
在电子商务、现代物流、工业设计、服务外包、数字旅游、地理信息等领域，组织实施一批科技示范工程。
二、现代农牧业科技支撑工程
1.关键技术研发与示范
动植物品种培育和分子育种技术；农、林、畜、水产安全生产关键技术及质量控制技术；特色农产品贮运保鲜和精深加工技术；农林病虫害防治技术；动植物重大疫病预防与控制技术；农业高效节水和安全利用技术；退化草原快速治理技术和人工草地高效建植技术；农业装备先进制造技术；设施农业配套技术；盐碱地农业高效利用关键技术；新垦土地快速熟化与高效利用技术；农业信息化和农业物联网技术；新农村建设关键技术等。
2.科技型农业产业化龙头企业
在棉花、特色林果、特色作物、特色养殖和特色农产品深加工领域，培育一批科技型农业产业化龙头企业、建立20个农业产业技术创新联盟。
3.科技特派员
建立50个自治区级科技特派员创业链、100个科技特派员示范基地；引导科技特派员领办创办200个企业、培育500个农民专业合作组织。
4.农业科技园区
建立3—5个国家级农业科技园区和7—10个自治区级农业科技园区。建设喀什农业科技园区、伊犁农产品出口加工科技园区、吐鲁番设施农业科技园区、巴州林畜产业科技园区、克拉玛依精品农业科技园区、阿克苏特色林果农业科技园区、塔城绿色蔬菜农业科技园区等。
三、民生科技工程
1.关键技术研发与示范
人口与健康重大传染病研究和防控治疗技术；重大疾病（心脑血管病、恶性肿瘤等）预防和诊疗关键技术；高发病、地方病预防和诊疗技术；中医、民族医和西医结合治疗关键技术；基因组、蛋白质组及其与环境因素相互作用机理；人畜共患病防治技术；中药、民族药现代化关键技术，新疆地道药材规范化种植。
公共安全食品与药品安全检测与评估关键技术；矿山和矿井灾害的预测、预警和综合治理关键技术；应急救援关键技术；自然灾害监测预警技术；社会安全监控预警网络体系关键技术。
2.基层科技服务能力建设
建设83个县市科技综合服务中心：包括技术转移工作站、科技特派员工作站、科技示范基地、科技信息站、科普工作站、数字图书馆等。
建设覆盖全区的基层科技信息网络。
新建20个科技兴新素质工程培训基地，每年培训200万人次以上。
3.科技富民强县固边计划
在全疆县市区全面实施科技富民强县行动；在32个边境县市实施科技富民固边计划。
4.科普能力建设
新建100个自治区级科普基地，建设新疆自然历史博物馆、数字科技馆。
5.新农村建设科技示范
在不同类型地区建立10个科技型新农村建设示范点。
四、资源与环境科技工程
1.关键技术研发和示范
矿产资源勘查与开发重要成矿带战略性矿产资源研究与高效勘查技术、特殊景观区金属矿产资源高效勘查方法技术、大型隐伏金属矿床定位预测方法技术、煤/煤层气/煤系页岩气综合评价与勘探开发关键技术、优势非金属矿产资源成矿规律及开发利用技术、有色金属矿产资源高效开发与综合利用技术等。
生态保护与环境治理气候变化对干旱区水循环的影响与生态效应研究、干旱区水资源安全与调控技术和天山云水资源潜力评估与增水技术、脆弱生态系统恢复重建关键技术、流域生态系统可持续管理关键技术、沙漠边缘荒漠植被生态恢复技术、油气开发区环境综合整治关键技术、煤炭开发区生态修复关键技术等。重点地区和城市空气质量改善综合技术、重点流域水污染治理技术、水体生态修复技术、湖泊和湿地保护技术、水环境管理技术、生态安全决策管理关键技术、重要生态功能区保护和建设技术模式、土壤污染防治与农村环境综合整治关键技术等。开展自然保护区、重要生态功能区、矿产资源开发和流域水环境保护等方面的生态补偿关键技术研究。
2.可持续发展研究与示范
建设库尔勒市、吐鲁番市、阿克苏市、布尔津县、霍城县、喀什市、乌鲁木齐市米东区等12个自治区可持续发展实验区。
开展伊犁河、塔里木河流域可持续发展科技示范，集成实施一批科技示范项目。
五、技术创新工程
1.创新型企业
培育国家级创新型企业20家，自治区级创新型企业200家。
2.产业技术创新战略联盟
建立7个重点产业技术创新联盟：风电产业、煤电煤化工产业、光伏/光热装备、特高压输变电装备、稀有和有色金属材料、纺织工业、多语种软件。
建立20个特色农业产业技术创新联盟：棉花、特色林果、特色作物、特色养殖和特色农产品深加工。
3.创新创业公共服务平台
新建35家生产力促进中心、20个科技企业孵化器、20个技术转移中心。
六、科技创新基础能力提升工程
1.研发基地
重点科研机构研发基地建设与完善科研机构研发基地，包括：新疆农牧机械科技成果转化基地、新疆电子研究所有限公司创新产业化基地、乌鲁木齐有色金属新材料产业化基地、太阳能技术开发与产业化基地、新疆建筑科学研究院科技创新转化基地、新疆建筑材料研究开发及成果转化基地、新疆特色生物医药转化及公共服务基地等。
重点实验室建设绿洲生态与荒漠环境等3—5个国家重点实验室、4个省部共建国家重点实验室培育基地、23个自治区重点实验室，覆盖优势特色产业和民生科技的重点领域。
工程（技术）研究中心新建50个工程（技术）研究中心，建设3—5个国家级工程（技术）研究中心，5—10个国家地方联合工程研究中心。覆盖领域包括：石油化工新材料、有色金属新材料、稀有金属新材料、煤化工、精细化工、特高压输变电装备、光伏/光热装备、特色农业装备、环境保护等；现代种业、农业节水、设施农业、动物胚胎移植、农产品精深加工等。
2.科技成果转化及产业化科技示范基地
新建30个科技成果转化基地，覆盖粮食作物、经济作物、棉花、特色林果、畜产品、特色药材种植和养殖、特色农牧产品深加工、农业高效节水、设施农业、农机装备、新材料、新能源、环保装备制造等领域。
加强克拉玛依石油石化、米东石油化工和煤化工火炬计划产业基地建设，提高稀有和有色金属新材料、光伏发电装备、风电装备产业化基地，特高压输变电装备制造、现代节水材料、电子信息、生物医药、纺织、石油天然气化工、石油机械制造、节能装备等产业化科技示范基地的建设水平。
3.科技基础条件平台
建设完善大型科研仪器设备协作共用网；建设完善新疆实验动物共享及管理信息系统；建设生物种质资源保护平台；建设新疆科技文献与科学数据共享服务网络及服务中心；建设完善山地和流域生态系统、森林资源和特色野生动物、河流预警、盐碱地改良等领域的野外观测试验台站。
4.110米射电天文望远镜
建造110米口径全向可转动射电天文望远镜。
七、科技人才队伍建设工程
1.科技领军人才
培养30—50名科技领军人才，支持其进行重大方向的科学研究、核心技术开发和自主创新成果产业化。
2.创新团队
培养50个左右创新团队，支持其在新疆具有相对优势的科研领域和培育战略性新兴产业的关键技术领域，开展重要研究开发和成果转化工作。
3.杰出青年科学基金
培养100名左右杰出青年科技人才，支持其开展科学研究和科技成果应用示范，参加国内外科技合作与交流。
4.青年科技骨干培养
选派1000名优秀青年科技人才到内地进修和培训，选派200名青年科技骨干到内地参与科技合作项目。重点培养200名博士和工程硕士。遴选100名博士毕业生，扶持其启动和前期开展创新创业项目。
5.少数民族科技骨干特殊培养
遴选100名少数民族科技骨干，支持其实施重要科技项目。
6.科技创新人才引进
引进高层次人才、急需人才和具有自主知识产权成果和项目的人才，支持其在新疆创新创业。
7.创新方法推广应用
开展创新方法培训1000人次，在企业、高等学校、科研机构推广应用30—50家。
八、国际科技合作工程
1.中国—中亚科技合作中心建设
聚集国内外科技资源，建立面向中亚地区的科研数据库、资源库，地理信息、环境监测及地震预测等网络，形成集学术交流、新技术新产品展示、创业孵化等诸多功能于一体，具有一定国际影响力的“一站式”国际科技交流合作中心。
2.中亚科技合作基地建设
农业科学院国际科技合作基地、畜牧科学院国际科技合作基地、地质矿产科技合作基地、地震灾害预测预防科技合作基地、生态环境科技合作基地、电力设备科技合作基地、马产业科技合作示范基地、中亚科技经济信息中心等。
3.科技合作研究
中亚地区应对气候变化条件下的生态环境保护与资源管理联合研究、中亚区域可持续发展研究、基础地理和地质合作研究、生物资源联合研究、中国—阿拉伯联盟荒漠化防治技术合作研究等。
4.先进适用技术合作
中亚国家语言信息处理技术、现代农业技术、干旱区绿洲农业与生态综合治理技术、农业节水和设施农业技术、新能源开发利用技术、新材料加工技术、石油化工下游产品生产技术、节能环保技术等。
5.野外科学监测站点及科学试验示范点建设
在中亚五国合作建设10个野外科学监测站点和3个科学试验示范点。