部分原剧情

黑衣组织半个世纪前就开始策划某个大计划。宫野厚司、宫野艾莲娜夫妇进入黑衣组织，参与APTX4869的研究，后“意外死亡”，留下女儿宫野明美与宫野志保。志保到美国留学，后回日本继续研发APTX4869，代号雪莉。组织杀手贝尔摩得杀害了一个一直在调查组织的FBI探员，并放火烧了他的家。探员年幼的女儿茱蒂·斯泰琳幸免于难，并被她父亲的同事保护起来，长大后加入FBI。茱蒂对贝尔摩德所说的“Asecretmakesawomanwoman”一直印象深刻。女明星莎朗·温亚德（即贝尔摩得）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习易容术并成为好友。

龙舌兰找到板仓卓，命他开发一种系统软件，但遭拒。组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。

毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的FBI搜查官赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（被兰所救的杀人魔实为贝尔摩得假扮，“自杀”的杀人魔为贝尔摩得所杀）

莎朗假死，以女儿克丽丝的身份继续生活下去。

新一在与兰去游乐场玩时目睹了组织的地下交易，被琴酒、伏特加发现，强行灌药变小。新一将此事告知阿笠博士，后决定隐藏身份，化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家，转入帝丹小学。